ÚPT AV ČR se zabývá výzkumem fyzikálních metod, speciálních technologií a unikátních přístrojových principů ve vědních oblastech elektronové optiky a mikroskopie, nukleární magnetické rezonance, bioinformatiky a koherenční světelné optiky. Vytváří špičkové technologické prvky a postupy v oborech ultravysokého vakua, kryotechniky a supravodivosti.